En nens petits, en cas d'anormalitat hormonal, el tractament pot consistir en injeccions de La testosterona, la dosi i la regularitat de les quals són fixades per l'endocrinòleg. Aquest tractament ben seguit augmenta la mida del penis. Quan el micropenis és causat per teixits del penis que són insensibles a la testosterona, aquest tractament hormonal no té cap efecte.

Com més aviat es detecti el micropenis, més ràpid es posa en marxa el tractament, més efectiu serà. El tractament també pot ser necessari durant la pubertat. Després de la pubertat, el tractament hormonal ja no és efectiu perquè els teixits ja no reaccionen de la mateixa manera.

Tractament quirúrgic del micropenis     

En l'edat adulta, quan el micropenis no ha estat tractat o quan el tractament no ha estat prou efectiu, el cirurgia és possible. Tanmateix, no sempre presenta resultats convincents.

La secció del lligament suspensiu del penis, que va del penis al pubis, es pot oferir. No modifica el penis de cap manera sinó que el separa parcialment del pubis, fent-lo semblar més llarg. El guany observat és d'1 a 2 cm en estat flàccid i 1,7 cm en erecció. Aquest allargament s'adquireix al preu d'un penis erecte inestable, ja que està menys ben adherit al pubis, cosa que pot fer que la penetració sigui menys fàcil.

L'injecció de greixos autòlegs consisteix a injectar el greix del subjecte sota la pell del seu penis. Això no allarga el penis de cap manera, sinó que visualment el fa més gruixut. Només una part del greix col·locat no és absorbit pel cos al llarg del temps (del 10 al 50% segons el tema). La reabsorció pot ser desigual i donar lloc a un aspecte del penis "rosari".

El micropenis pot tenir importants repercussions psicològiques, sobretot durant l'adolescència, és important que la persona sigui ajudada i es tinguin en compte els seus dubtes.