El al·lèrgies a la xocolata són possibles encara que ho siguin rar. El fenomen al·lèrgic en aquest cas prové de les proteïnes del cacau. La persona al·lèrgica que el consumeix experimenta llavors dificultats per respirar, té mal de cap, erupcions cutànies, taquicàrdia, pruïja i sensació de cremor a l’estómac.

Aquests símptomes també es poden observar en persones al·lèrgiques als elements que componen la xocolata (fruits secs, proteïnes de la llet, etc..), tot i que per tant no són realment al·lèrgics al cacau per se.